Urika-XC Cray Graph Engine | Trovares xGT
WYDAJNE PRZETWARZANIE GRAFÓW I SIECI
w epidemiologii, biochemii, cyberbezpieczeństwie, social media i …

14-15 PAŹ 2020
Wirtualna Akademia ICM

Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego (ICM) ma przyjemność zaprosić osoby zainteresowane grafowymi i sieciowymi metodami przetwarzania danych na zdalne, bezpłatne warsztaty o narzędziach Urika-XC Cray Graph Engine i Trovares xGT.

Grafowe i sieciowe metody przetwarzania informacji znajdują zastosowanie w wielu dziedzinach, takich jak nauki społeczne, epidemiologia, logistyka czy wnioskowanie semantyczne. ICM posiada unikalne oprogramowanie do wydajnego przetwarzania danych grafowych i sieciowych w dowolnej skali. Narzędzia obecnie dostępne w ICM to:
Trovares xGT
Urika-XC Cray Graph Engine

W skład obu pakietów wchodzą m.in. algorytmy takie jak liczenie metryk, znajdowanie ścieżek czy dopasowanie wzorca dla dowolnie dużych grafów i sieci. Przy ich pomocy możliwe jest wykonywanie intensywnych i skomplikowanych obliczeń naukowych.

Wymagania wstępne

Podczas warsztatów będziemy korzystać z następujących narzędzi: powłoka Linux (ls, cd, mv, mkdir, rm); łączenie się przez SSH ze zdalnym serwerem; język Python i biblioteka Pandas; system kolejkowy Slurm; kontenery Docker lub Singularity; w przypadku Trovares xGT: język Cypher Query Language; w przypadku Urika-XC Cray Graph Engine: RDF oraz język SPARQL.
Znajomość ww. narzędzi jest przydatna, ale nieobowiązkowa. Prosimy o dokładne wypełnienie formularza zgłoszeniowego, który pomoże nam w ocenie kwalifikacji uczestników oraz w przygotowaniu materiałów. Osoby zakwalifikowane, które nie znają powyższych narzędzi, otrzymają zestaw tutoriali i ćwiczeń na kilka dni przed warsztatami.


Program warsztatów

Trovares xGT
14.10.2020
10.00 – 15.00
Warsztaty online
Agenda
  1. Zalogowanie się uczestników na superkomputer ICM, uruchomienie środowiska przez uczestników (kontener Singularity), wprowadzenie do systemu kolejkowego na superkomputerze
  2. Jak wczytywać dane, narzędzia do zmiany formatu danych, jak dane są reprezentowane w narzędziu
  3. Wprowadzenie do narzędzia:
    • wybieranie danych: (np. SELECT i WHERE)
    • agregowanie danych (np. COUNT i MEAN)
    • składanie zapytań (ciąg zapytań z zapisywaniem wyników pośrednich)
    • zapisywanie danych do pliku
    • optymalizacja (plan zapytania)
  4. Problemy dziedzinowe:
    • średnica grafu
    • rozkład stopni wierzchołka
    • średni stopień wierzchołka
    • liczba klik rozmiaru N
    • PageRank
    • problemy zaproponowane przez uczestników

Urika-XC Cray Graph Engine
15.10.2020
10.00 – 15.00
Warsztaty online
Agenda
  1. Wprowadzenie do grafów RDF
  2. Omówienie metod konwersji innych modeli grafów do RDF
  3. Zalogowanie się uczestników na klastrze ICM
  4. Przygotowanie danych
  5. Uruchomienie CGE, sprawdzenie połączenia
  6. Wprowadzenie do SPARQL
  7. Ćwiczenia z zapytań SPARQL – wyszukiwanie wzorca w grafie
  8. Wprowadzenie do funkcji wbudowanych CGE
  9. Ćwiczenia z funkcji wbudowanych CGE na przykładach:
    • PageRank
    • Community Detection
    • S-T Connectivity
    • Problemy zaproponowane / przedstawione przez uczestników

Mapa niedostępna

Rejestracja uczestników trwa do 4 października 2020 r. Można zgłosić udział w jednym lub obydwu warsztatach. Prosimy o dokładne wypełnienie poniższej ankiety; pomoże ona organizatorom w przygotowaniu materiałów do warsztatów.

Uwaga! Liczba miejsc jest ograniczona do 10. Organizatorzy skontaktują się z osobami zakwalifikowanymi w terminie do 7 października. Możliwe jest zorganizowanie dodatkowego terminu warsztatów, jeśli liczba chętnych znacząco przekroczy liczbę miejsc.

Registration FormFormularz rejestracyjny


*Pole obowiązkowe