Omics Data Science, Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych BiomedycznychII EDYCJA KURSU ICM – IMID

Ostatnia aktualizacja: 08.10.2020 r.

Cel kursu

Celem kursu jest przygotowanie osób, które będą mogły efektywnie zająć się analizą danych omicznych w kontekście ich wykorzystania w genetyce medycznej.

Dla kogo przeznaczony jest kurs?

Kurs kierowany jest głównie do informatyków oraz specjalistów innych dziedzin (biologia, medycyna, chemia, fizyka, matematyka, lub dziedzin pokrewnych jak: biotechnologia, genetyka, kryminalistyka), którzy interesują się Data Science i chcą rozwinąć swoją wiedzę w zakresie bioinformatyki oraz analizy wielkoskalowych danych biomedycznych.

Poza wprowadzeniem do analizy danych biomedycznych, kurs obejmuje zapoznanie się z podstawowymi narzędziami wykorzystywanymi w bioinformatyce, a także z wyzwaniami współczesnej genetyki. Zajęcia umożliwią również praktyczne wykorzystanie nabytych umiejętności w trakcie zajęć dedykowanych analizie danych omicznych.

O przyjęcie na kurs może ubiegać się:

• absolwent lub student ostatniego roku studiów powyżej wymienionych dziedzin;
• absolwent lub student ostatniego roku studiów innych kierunków, który w wyniku szkoleń podniósł umiejętności w zakresie bioinformatyki;
• osoba wykonująca zawód lekarza lub diagnosty laboratoryjnego.

Program

Zajęcia wprowadzające do analizy danych wysokoprzepustowych

1. Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie [10×45 min. – wykłady]
2. Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych [8×45 min – wykłady]
3. Podstawowe narzędzia informatyczne (Python) [34×45 min – zajęcia praktyczne]
4. Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych [11×45 min – wykłady]
5. Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R [16×45 min – zajęcia praktyczne]
6. Zastosowanie narzędzi Big Data w analizach omicznych [20×45 min – wykłady i zajęcia praktyczne]
7. Modelowanie Deep Learning w badaniach biomedycznych [6×45 min – wykłady i zajęcia praktyczne]
8. Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych [5×45 min – wykłady]

Praktyczne wykorzystanie analiz wysokoprzepustowych – zajęcia praktyczne poprzedzone wstępem teoretycznym

1. Genomika [10×45 min – zajęcia praktyczne]
2. Transkryptomika [10×45 min – zajęcia praktyczne]
3. Metagenomika/ Mikrobiom [10×45 min – zajęcia praktyczne]
4. Epigenomika [10×45 min – zajęcia praktyczne]
5. Proteomika [6×45 min – zajęcia praktyczne]
6. Metabolomika [4×45 min – zajęcia praktyczne]

Z powodu zdalnego trybu nauczania prosimy uczestników o posiadanie własnego komputera z dystrybucją Linuksa: Ubuntu 18.04 TLS.

Miejsce kursu

W związku z zarządzeniem numer 206 Rektora Uniwersytetu Warszawskiego, zajęcia dydaktyczne w semestrze zimowym roku akademickiego 2020/2021, są prowadzone w trybie zdalnym z wykorzystaniem metod i technik kształcenia na odległość.

Sekretariat i adres do korespondencji
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski
ul. Pawińskiego 5A budynek D, piąte piętro, 02-106 Warszawa

Terminy 2. edycji kursu

Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w sobotę i niedzielę w następujących terminach:

• 17-18 października 2020r.
• 24-25 października 2020 r.
• 7-8 listopada 2020 r.
• 21-22 listopada 2020r.
• 5-6 grudnia 2020 r.
• 19-20 grudnia 2020 r.
• 16-17 stycznia 2021 r.
• 30-31 stycznia 2021 r.
• 13-14 lutego 2021r.

Rekrutacja

Start rekrutacji: 21 września 2020 r., godz. 19:00
Zakończenie rekrutacji: 25 września 2020 r., godz. 24:00

Uwaga! Ograniczona liczba miejsc – W każdej edycji kursu może uczestniczyć tylko 35 osób.

Opłaty

Wysokość opłaty rekrutacyjnej w pierwszej i drugiej edycji wynosi 500 zł. Opłata rekrutacyjna jest bezzwrotna.

Pełna wartość kursu za jedną osobę wynosi 10 000 zł, lecz dzięki współfinansowaniu z Europejskiego Funduszu Społecznego, uczestnicy pierwszej i drugiej edycji nie ponoszą kosztów uczestnictwa.
W przypadku trzeciej edycji nie ma już dofinansowania.

W przypadku rezygnacji z kursu podczas jego trwania lub uczestnictwa w mniej niż 80% kursu, uczestnik może zostać zobowiązany do pokrycia całości lub części kosztów uczestnictwa.

Świadectwo ukończenia kursu

Warunkiem zaliczenia kursu jest udział w nie mniej niż 80% zajęć oraz złożenie pracy grupowej.
Ukończenie kursu zostanie poświadczone świadectwem wydanym przez Uniwersytet Warszawski.

Dokumenty do pobrania

• Regulamin Rekrutacyjny i Uczestnictwa w Kursach
• Deklaracja uczestnictwa w kursie
• Oświadczenia uczestnika projektu
• Oświadczenie kandydata o spełnieniu warunków formalnych
• Ankieta badająca poziom zawodowego zapotrzebowania osoby na wiedzę będącą zakresem danej formy wsparcia
• Zgoda na przetwarzanie danych osobowych
• Oświadczenie o wykorzystywaniu wizerunku i głosu
• Regulamin Rekrutacyjny i Uczestnictwa w Kursach – zmiany Regulaminu z 08.10.2020

Kontakt

omics.data.science[at]icm.edu.pl

Strona kursu

https://akademia.icm.edu.pl/edukacja/kurs-omics-data-science/

---

Organizatorzy:
1. Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski;
2. Instytut Matki i Dziecka: Zakład Genetyki Medycznej, Zakład Badań Przesiewowych i Diagnostyki Metabolicznej.

Kurs realizowany jest w ramach projektu „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)” współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego, Program Operacyjny Wiedza Edukacja Rozwój.
Osi priorytetowa: IV. Innowacja społeczna i współpraca ponadnarodowa Działania: 4.3

Nr umowy: UDA-POWR.04.03.00-00-0054/18.

Informacje dotyczące programu: https://edu-metgen.imid.med.pl/

---